En cas de persistance des symptômes après le traitement, il faut envisager aussi bien une réinfection qu’un véritable échec thérapeutique, notamment lié à une résistance. En cas de symptômes persistants 3 à 7 jours après la fin du traitement, la recommandation belge préconise une culture à partir de prélèvements de tous les sites anatomiques pertinents, avec détermination de la sensibilité aux antibiotiques. Si la culture est négative, une PCR est recommandée 14 jours après la fin du traitement.