Les variants sont désignés en fonction de leur mobilité électrophorétique : M (medium), S (slow), Z (very slow) et Null (variant nul). Les variants M sont présents dans la population normale et n’entraînent pas de déficit.
Les variants S, Z et Null, en revanche, sont associés à un déficit et, à des concentrations <0,80 g/L, à des manifestations cliniques sévères. Les mutations les plus fréquentes sont les variants Z et S. Les patients présentant un génotype ZZ homozygote ou SZ hétérozygote peuvent présenter des concentrations sériques d’alpha-1-antitrypsine fortement diminuées.
Le génotype ZZ peut entraîner des atteintes pulmonaires et hépatiques. Environ 50 % des enfants porteurs de ce génotype présentent déjà une élévation asymptomatique des transaminases à l’âge de 6 mois. La moitié de ce groupe évolue ensuite vers une cirrhose hépatique.