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Les entéropathogènes sous la loupe – un aperçu épidémiologique

Alors que l’automne a débuté et que la saison des barbecues touche officiellement à sa fin, nous souhaitons vous présenter un aperçu des agents entéropathogènes isolés dans nos laboratoires à partir de cultures de selles au cours de l’année écoulée (2024–2025). Nous comparons les chiffres actuels à ceux de 2018 et examinons l’évolution de la résistance aux antibiotiques. La question se pose alors : observons-nous des changements significatifs et nos traitements empiriques de la gastro-entérite bactérienne correspondent-ils toujours aux données de résistance actuelles ?

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Répartition des entéropathogènes

Parmi toutes les cultures de selles effectuées au cours de l’année écoulée, un ou plusieurs agents bactériens entéropathogènes ont été isolés dans 7,3 % des échantillons (pourcentage pratiquement identique à celui de 2018, soit 7,5 %).

Campylobacter spp. demeure le pathogène le plus fréquemment retrouvé dans les gastro-entérites bactériennes (63,8 %), bien que ce pourcentage soit légèrement inférieur à celui observé en 2018 (71,7 %). Au sein de ce genre, C. jejuni reste dominant (77,5 % des isolats de Campylobacter).

Les proportions des entéropathogènes Aeromonas spp., Salmonella spp. et Shigella spp. restent relativement stables par rapport à 2018. Yersinia enterocolitica a connu une augmentation notable, passant de 2,0 % à 5,4 %. En revanche, E. coli O157 demeure très rare, avec 0,3 % contre 0,1 % en 2018.

Germes Pourcentage 2024-2025 Pourcentage 2018
Campylobacter spp. 63,8% 71,7%
          Campylobacter jejuni 77,5% 86,8%
          Campylobacter coli 11,3% 11,6%
          Campylobacter andere 11,2% 1,6%
Aeromonas spp. 14,0% 11,8%
Salmonella spp. 10,5% 11,4%
Shigella spp. 2,1% 2,0%
Yersinia enterocolitica 5,4% 2,0%
E.coli O157 0,3% 0,1%
Autres 3,9% 1,0%
Total 100% 100%

Tableau 1 : Aperçu des entéropathogènes isolés
Période : août 2024 – août 2025 versus janvier – décembre 2018

Résistance aux antibiotiques

En cas de gastro-entérite aiguë non compliquée, les antibiotiques ne sont généralement pas indiqués. Un traitement peut néanmoins être nécessaire lors d’infections sévères, tant chez les patients immunocompétents qu’immunodéprimés ou appartenant à d’autres groupes à risque. Il est donc essentiel de tenir compte des résistances aux antibiotiques oraux les plus utilisés.

Chez Campylobacter spp., la résistance à la ciprofloxacine reste élevée (53 %), bien qu’un peu inférieure à celle de 2018 (62 %). La résistance à l’azithromycine demeure faible (5 %), ce qui en fait un choix empirique approprié.

Pour Salmonella spp., la résistance à la ciprofloxacine est passée de 6 % à 18 %. Chez Shigella spp., elle reste très élevée (40 %), tandis qu’elle demeure faible pour Yersinia enterocolitica (1 %). Il n’existe pas de directives pour l’interprétation de la sensibilité à l’azithromycine pour ces trois pathogènes, et donc pas de chiffres officiels de résistance. Si un traitement antibiotique s’avère nécessaire, l’azithromycine peut néanmoins être utilisée de manière empirique.

Antibiotique Campylobacter spp. Salmonella spp. Shigella spp. Yersinia enterocolitica
2024 - 2025 2018 2024 - 2025 2018 2024 - 2025 2018 2024 - 2025 2018
Ciprofloxacine
 53% 62% 18% 6% 40% 41% 1% 0%
Azithromycine 5% 7% - - - - - -
Trim./sulfa - - 4% 12% 69% 78% < 0,1% < 0,1%

Tableau 2 : Résistance aux antibiotiques des entéropathogènes
Période : août 2024 – août 2025 versus janvier – décembre 2018

Attention : en cas de suspicion ou de détection d’une infection à STEC / E. coli O157, le traitement antibiotique est contre-indiqué, car il peut augmenter le risque de développer un SHU (syndrome hémolytique et urémique). Pour en savoir plus, consultez cet article.

Conclusion

  • Campylobacter spp. demeure le principal pathogène fécal.
  • Lorsque les antibiotiques sont indiqués dans le cadre d’une gastro-entérite aiguë, l’azithromycine reste le traitement empirique de choix. Commencez le traitement uniquement après le prélèvement d’un échantillon de selles.

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